首先，生物有機肥施入土層不易過深。因為生物有機肥是依靠其活性來分解有機質的，有機肥料批發,有機肥廠家介紹其活性必須在一定的溫度、濕度、透氣性、有機物質的條件下才能實現。而施入太深會影響生物肥活性。因此，生物有機肥以施在地表下10 到15厘米處為宜。

生物有機肥施用時也不宜與單一化肥混施。 單一化肥因其成分單一，且酸堿程度不同，如果大量施用，勢必影響生物有機肥的生物活性。因此，生物有機肥建議單獨施用。

生物有機肥與農家肥(生雞糞)、磷酸二銨復合肥配比要合理 給瓜果施肥的原則施生物肥要好，有機肥要腐熟，化肥要元素全(根據瓜果種類不同合理配比)。在施用時應注意，生雞糞鹽過多，磷酸二銨磷過多(18個氮、 46個磷)，復合肥氮、磷、鉀配比為15：15：15或16：16：16或17：17:17，如果選用時，一定要先計算，再配比，后施用。

另外，生物有機肥穴施更重要，特別是茄果類蔬菜，重茬現象不可避免。即使補施了一些生物肥、微肥，由于受溫度、濕度、透氣性、有機質等條件的影響，再加上幼苗根弱的原因，很難快速發揮作用，如果穴施生物有機肥，一方面可快速促進活躍土壤，提高土壤透氣性，促進根系快速生長發育;另一方面可緩解因有機肥不腐熟、化肥沒分解形成養分的空缺，及時供給根系養分，給根系一個良好的生長環境，促進團根早形成。